Что и где нужно прописать, чтобы в почтовых программах открывался логотип SVG ?
Не все почтовые программы поддерживают формат svg, это уже зависит от них.
Вы можете поставить логотип в админке в формате .png
а в админке Nexoos - Шаблоны → Шапка
{$LOGO_TOP} заменить на картинку .svg чтоб на сайте выводилась она.